במהלך שנות עבודתה התמקדה ד"ר נפתלי בתחום המחלות התפקודיות של מערכת העיכול, כולל בעיות בתנועתיות הושט, תסמונת שיתוק הקיבה (גסטרופרזיס) עצירות כרונית, אי שליטה על סוגרים, ועוד. בנוסף, ד"ר נפתלי הקימה ומנהלת את השירות למחלות מעי דלקתיות בבית החולים מאיר, עם דגש על בניית צוות טיפולי רב מקצועי המשלב כירורגים, דיאטנים, פסיכולוגים וצוות סיעודי על מנת לתת את המענה המירבי לצרכיהם השונים של המטופלים.

ד"ר נפתלי פרסמה מחקרים רבים בתחום מחלות המעי התפקודיות אשר עסקו באכלזיה, גסטרופרזיס ובעצירות כרונית. בתחום המחלות המעי הדלקתיות, פרסמה ד"ר נפתלי מחקרים אשר עסקו בגורמים לאי-היענות חולים לטיפול תרופתי. כמו כן פרסמה מספר מחקרים פורצי-דרך בתחום הטיפול בקנאביס רפואי לחולים קשים במחלות מעי דלקתיות, אשר הראו עד כה כי על אף שהקנאביס אינו מביא לשיפור בתהליך הדלקתי עצמו, הוא עשוי להביא להקלה סימפטומטית בחולים אלה.

ד"ר תמנע נפתלי היא בוגרת בית הספר לרפואה "סאקלר" בתל אביב. היא סיימה התמחות ברפואה פנימית בשנת 1992 ובגסטרואנטרולוגיה בשנת 1998 בבית החולים מאיר בכפר סבא. בין השנים 1998-2016, עבדה ד"ר נפתלי במכון הגסטרואנטרולוגי של מרפאת המומחים של "כללית" בהרצליה, בשילוב עם תפקידה כרופאה בכירה במכון לגסטרואנטרולוגיה בבית החולים מאיר. משנת 2016 ד"ר נפתלי מכהנת כסגנית מנהל המכון לגסטרואנטרולוגיה בבית החולים מאיר ומנהלת את השירות למחלות מעי דלקתיות. במהלך שנות עבודתה, ד"ר נפתלי עברה השתלמויות בתחום מחלות תפקודיות של מערכת העיכול בבית החולים St.Marks בלונדון, אנגליה וב-Mayo Clinc במינסוטה, ארה"ב.

ד"ר נפתלי היא משתתפת קבועה בכנסים בינלאומיים ומרצה בכירה בבית הספר לרפואה באוניברסיטת תל אביב. היא חברה באיגוד הישראלי לגסטרואנטרולוגיה, החוג למחלות מעי דלקתיות והחוג לנוירוגסטרואנטרולוגיה.