ד"ר נפתלי פרסמה מחקרים רבים בתחום מחלות המעי התפקודיות אשר עסקו באכלזיה, גסטרופרזיס ובעצירות כרונית. בתחום המחלות המעי הדלקתיות, פרסמה ד"ר נפתלי מחקרים אשר עסקו בגורמים לאי-היענות חולים לטיפול תרופתי. כמו כן פרסמה מספר מחקרים פורצי-דרך בתחום הטיפול בקנאביס רפואי לחולים קשים במחלות מעי דלקתיות, אשר הראו עד כה כי על אף שהקנאביס אינו מביא לשיפור בתהליך הדלקתי עצמו, הוא עשוי להביא להקלה סימפטומטית בחולים אלה.
במהלך שנות עבודתה מתמקדת ד"ר נפתלי בתחום המחלות התפקודיות של מערכת העיכול, כולל בעיות בתנועתיות הושט, תסמונת שיתוק הקיבה (גסטרופרזיס) עצירות כרונית, אי שליטה על סוגרים, ועוד. בנוסף, ד"ר נפתלי הקימה ומנהלת את השירות למחלות מעי דלקתיות בבית החולים מאיר, עם דגש על בניית צוות טיפולי רב מקצועי המשלב כירורגים, דיאטנים, פסיכולוגים וצוות סיעודי על מנת לתת את המענה המירבי לצרכיהם השונים של המטופלים.

תרופות ביולוגיות לקרוהן וקוליטיס-  מה הן וכיצד להשתמש בהן
מחלות מעי דלקתיות והריון: כל מה  שחשוב לדעת
קנאביס מסייע בטיפול במחלות מעי דלקתיות
עד כמה קנאביס מסייע בטיפול במחלות מעיים
הטיפול במחלות בכלל ובמחלות מעי דלקתיות בפרט: מיתוסים, אגדות ועובדות
שמן קנאביס רפואי עוזר לחולת קרוהן
קנאביס רפואי: הטוב הרע המכוער ומשרד הבריאות